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核酸提取解決方案的操作與運用技巧
對于大多數(shù)生物研究人員來說,細胞培養(yǎng)、細菌培養(yǎng)、提取核酸等。都是實驗室,實驗操作費時費力,過程中可能會遇到各種坑。今天我們要講的是如何讓你的核酸 extraction不再煩惱!
核酸分為脫氧核糖核酸( DNA)和核糖核酸( RNA)。它是由許多核苷酸單體聚合而成的生物大分子化合物,是生命最基本的物質(zhì)之一。分別提取核酸 is DNA extraction和RNA extraction。兩種方法的提取原理大致相同。簡單來說就是分兩步:細胞或組織裂解和核酸 純化。
核酸 extraction 純化常用的方法有酚/氯(lü)仿萃取法、離心柱法、磁珠法等。
1、酚/氯(lü)仿萃取法
B (xi)烯丙基氯(lü) DNA的仿提取是用苯酚作為蛋白質(zhì)變性劑,反復提取,使蛋白質(zhì)變性,用SDS(十二烷基磺酸鈉)裂解細胞膜,在蛋白酶K和EDTA存在下消化蛋白質(zhì)或多肽或小肽分子,使核蛋白變性降解,使DNA不含核蛋白。
苯酚/氯(lü)模擬萃取法的優(yōu)點是成本低,對實驗條件要求低。這種方法的缺點也很明顯:由于使用了苯(芬)酚、氯(呂)仿等有機試劑,毒性較高,長期操作對人員健康影響較大;而且核酸的回收率低,損耗大。
離心柱純化
以DNA萃取離心柱為例。離心柱結(jié)構主要是一種特殊的硅基質(zhì)吸附材料,可以特異性吸附DNA,而RNA和蛋白質(zhì)會通過。該方法可選擇性吸附核酸,而不吸附蛋白質(zhì)和鹽,從而實現(xiàn)核酸與蛋白質(zhì)和鹽的分離,是目前試劑盒提取廣泛采用的方法。
該方法受人為操作因素影響較小,提取的DNA純度穩(wěn)定性很高。此外,離心柱法提取的DNA純度高于傳統(tǒng)酚氯(lü)模擬法提取的DNA純度。離心柱法以其低廉的價格和相對方便的操作,逐漸取代了傳統(tǒng)的DNA萃取法,被高校、科研院所等市場普遍接受。
這種方法的缺點是需要的樣本較多,但不適合稀有樣本。當樣品過量時,需要反復離心,樣品提取效率低,不便于高通量和自動化操作。這與現(xiàn)代生物實驗,特別是基因診斷、疾病檢測和轉(zhuǎn)基因檢測領域的高通量和自動化的要求不相適應。離心柱法DNA萃取需要大量的操作人員和儀器。當面對突發(fā)疫情時,更需要有高通量DNA提取設備和方法,更有效、更準確地監(jiān)測和控制疫情。
磁珠法
磁珠法是一種分離純化固體載體(SPRI)的可逆固定化方法。主要原理是:在不同濃度的PEG(聚乙二醇;;聚乙二醇)、不同片段大小的DNA會吸附在磁珠的羧基修飾層上,這些DNA可再次溶于水洗脫回收。
實驗中使用的磁珠分為五層,從里到外依次為:核為聚苯(xi)烯材料、超順磁材料(主要是四氧化三鐵)、第二層聚苯(xi)烯材料、第二層超順磁材料和表面粗糙的羧基修飾層。粗糙的表面更有利于核酸與羧基改性層的結(jié)合。該方法是將純化介質(zhì)包覆在納米級磁珠表面,DNA被介質(zhì)吸附,DNA附著在磁珠上,在外磁場的作用下定向移動,使核酸與其他物質(zhì)分離。
與其他集中式方法相比,磁珠法具有無可比擬的優(yōu)勢,包括:
(1)提取靈敏度高,只需少量樣品即可提取核酸;
(2 )/ kloc-6/純度高,磁珠與核酸的特定組合能使核酸與雜質(zhì)充分分離,使得提取的核酸純度高、濃度高;
(3)可以實現(xiàn)自動化和批量操作,通過機器自動化完成操作,人力較少,同時可以完成多個樣品的批量操作。以32孔核酸自動提取器為例,一個樣本的提取時間最多可用于處理32個樣本,滿足了生物學高通量運行的要求,能夠在傳染病爆發(fā)時快速及時地做出反應。
(4)操作簡單,時間短。整個提取過程只有四步。根據(jù)儀器不同,部分儀器提取時間可縮短至30分鐘,大大提高了實驗效率。
(5)安全無毒,不使用傳統(tǒng)方法中的苯、氯(lü)仿等有毒試劑,*大限度減少對實驗操作人員的傷害,完全符合現(xiàn)代環(huán)保理念;
近年來,磁珠法已經(jīng)成為核酸提取的必備工具之一,成為核酸自動提取設備的必備部件之一。Automatic 核酸 extractor對于經(jīng)常用大量實驗樣本做實驗的實驗人員來說是個不錯的選擇。而且對于各種核酸,無論是質(zhì)粒DNA,基因組DNA,還是RNA,一個自動化的核酸提取器就可以滿足實驗者的提取要求。
目前全自動核酸提取器基本可以滿足核酸的大批量提取的需要,針對不同的樣本(如全血、質(zhì)粒、培養(yǎng)細胞、組織等。)和核酸 types(基因組DNARNA/)
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